LINEE GUIDA
Dopo un corso di formazione specifico sugli argomenti affrontati nel progetto e sull'uso della piattaforma di bioinformatica, ogni docente interessato raccogliera' un gruppo di studenti e formera' un gruppo di lavoro. Inizialmente il progetto pilota coinvolgera' 10-12 gruppi al massimo.
Fase organizzativa
I gruppi svilupperanno e pianificheranno un progetto. Le proposte verranno sottoposte al CusMiBio (entro meta' marzo 2014) che ne valutera' la consistenza e la fattibilita' (entro fine marzo 2014).
NEL LABORATORIO DEL CUSMIBIO SI TERRANNO I SEGUENTI INCONTRI:
- giugno 2014: estrazione di DNA vegetale e animale e PCR;
- giugno 2014 elettroforsi dei prodotti di PCR e prima lezione di bioinformatica per analisi delle sequenze;
- settembre 2014 un pomeriggio per la lettura dei sequenziamenti del DNA;
- settembre 2014 si prevede una riunione dei gruppi partecipanti al progetto per presentare i risultati del sequenziamento e per la preparazione del convegno finale.
Fase operativa
1. Reperimento dei campioni e loro descrizione, documentazione e classificazione (si prevede l'utilizzo di IPAD o altro per la documentazione video e fotografica, per la creazione di una mappa geografica condivisa tra i vari gruppi del progetto con i luoghi del campionamento).
2. Estrazione del DNA, amplificazione e analisi dei prodotti di PCR su gel di agarosio per verificare la correttezza della procedura di amplificazione di segmenti dei geni che forniscono il codice di specie (nei laboratori del CusMiBio). Il CusMiBio fornira' materiali, strumenti e protocolli per effettuare l'esperimento.
3. Sequenziamento della sequenza amplificata. Il sequenziamento verra' effettuato da una ditta specializzata che si e' offerta di fornire gratuitamente il servizio, solo per la fase pilota del progetto.
4. Analisi delle sequenze e identificazione di ciascuna specie. Le sequenze saranno analizzate dagli insegnanti e dagli studenti nei laboratori informatici del CusMiBio sotto la supervisione di esperti di Bioinformatica e di Evoluzione Molecolare. A tale scopo verra' utilizzata l'interfaccia semplificata ed intuitiva, appositamente sviluppata dal DNALC per questo progetto che e' collegata a tutte le banche dati disponibili per tale analisi. Il DNALC ha gia' autorizzato l'accesso ed utilizzo di questa piattaforma informatica per l'analisi delle sequenze di DNA agli utenti CusMiBio.
5. Il CusMiBio si occupa della creazione di un sito specifico dedicato al "City Barcode" e di un blog per il lavoro di scambio di informazione tra i vari gruppi che avranno aderito al progetto.
6. Convegno finale per la presentazione dei lavori e dei risultati dei singoli gruppi. In questa occasione ci sara' anche un confronto di procedure e risultati ottenuti dal progetto di Milano e quello di New York.
7. Premiazione dei migliori progetti.